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トマトの遺伝子探索
トマトの遺伝子探索を行うのに便利なサイトです。
  • MiBASE
      BLASTのタグからBLAST検索ができます。>で始まるFASTAフォーマットでの入力が必要です。
      ESTが186,405 、Unigeneが26,363です。

  • KaFTom
      BLASTのタグからBLAST検索ができます。>で始まるFASTAフォーマットでの入力が必要です。
      2009年3月の時点で、84,638の完全長cDNAクローンの13,227のアセンブルコンセンサス配列(HTC)が登録されています。

  • DFCI
      中段Sequence Similarity searchの中からBLAST検索ができます。
      ESTが213947、Unigeneが41425です。

  • NCBI
      2007年12月10日現在NCBIには17849のUnigeneが登録されています。

  • The International Tomato Sequencing Project

      トマトゲノム解読国際協調プロジェクトの進捗状況を見ることができます。Toolsの中からBACクローン、マーカー、ESTやUnigene配列に対するBLAST検索ができます。

デジタル遺伝子発現解析
解析対象とする遺伝子の発現部位の推定などを行うことができます。
  • TFGD (Tomato Functional Genomics Database)

    トマトのRNA-seqやマイクロアレイのデータが公開されており、興味のある遺伝子の発現量が調べられます。

 

代謝産物やsmall RNAのデータも豊富です。



変異体の検索
花や葉の色、果実の大きさなどの表現型に異常を示す変異体を検索できます。品種はM82、変異源はEMSとfast-neutronです。13000のM2ラインから、野生型と異なる表現型を呈したものをカタログ化しています。現時点で3417の変異体が15の大分類、48の小分類にカテゴリー化されています。
  • Genes that Make Tomatoes
    Search the databaseをクリックし、興味のある表現型を選ぶと情報が得られます

ナス科(Tomato)コミュニティー&プロジェクト
Micro-Tom関連情報
  • Technical advance
    Meissner, R., Jacobson, Y., Melame, S., Levyatuv, S., Shalev, G.,Ashri, A., Elkind, Y. and Levy, A. 1997.
    A new model system for tomato genetics.
    Plant J. 12:1465-1472.

  • Review paper
    Yinghui Dan., Zhangjun Fei., Christophe Rothan
    MicroTom 窶錀 A New Model System for Plant Genomics
    Genes, Genomes and Genomics 2007 Global Science Books

  • Metabolome analysis
    Iijima Y, Nakamura Y, Ogata Y, Tanaka K, Sakurai N, Suda K, Suzuki T, SUzuki H, Okazaki K, Kitayama M, Kanaya S, Aoki K, Shibata D.
    Metabolite annotations based on the integration of mass spectral information.
    Plant J. 2008 54(5): 949-962.
    http://www.blackwell-synergy.com/doi/abs/10.1111/j.1365-313X.2008.03434.x

Micro-Tom代謝物解析
Micro-Tom形質転換法
  • Sun, H-J., Uchii, S., Watanabe, S. and Ezura, H.
    A highly efficient transformation protocol for Micro-Tom, a model cultivar for tomato functional genomics.
    Plant Cell Physiol.2006 47:426-431.

  • Dan, Y., Yan, H., Munyikwa, T., Dong, J., Zhang, Y. and Armstrong, C. L.
    MicroTom-a high-throughput model transformation system for functional genomics.
    Plant Cell Rep. 2006 25:432-441.

  • 形質転換プロトコール【植物編】 田部井豊編 化学同人 2012 (リンク

Micro-Tom果実を用いたトランジェントアッセイ法
  • Orzaez D., Mirabel S., Wieland WH., Granell A.
    Agroinjection of tomato fruits. A tool for rapid functional analysis of transgenes directly in fruit.
    Plant Physiol. 2006 Jan;140(1):3-11.

NBRPトマトで行っている突然変異誘発系統作成に関する論文
  • EMS突然変異誘発系統
    Shin Watanabe, Tsuyoshi Mizoguchi, Koh Aoki, Yasutaka Kubo, Hitoshi Mori, Shunsuke Imanishi, Yukiko Yamazaki, Daisuke Shibata, Hiroshi Ezura.
    Ethylmethanesulfonate (EMS) mutagenesis of Solanum lycopersicum cv. Micro-Tom for large-scale mutant screens
    [PDF]
  • γ線突然誘発系統
    Chiaki Matsukura, Isao Yamaguchi, Mami Inamura, Yusuke Ban, Yoshie Kobayashi, Yong-gen Yin, Takeshi Saito, Chikara Kuwata, Shunsuke Imanishi, Shigeo Nishimura
    Generation of gamma irradiation-induced mutant lines of the miniature tomato (Solanum lycopersicum L.) cultivar Micro-Tom
    [PDF]